Powstał przy kościele świętego Klemensa dzięki staraniom miłośnika Zakopanego - proboszcza Józefa Stolarczyka.
Nazwa cmentarza podaje nam nowe informacje: otóż darczyńcą terenu był Jan Pęksa. „Brzyz/brzyzek” to w gwarze góralskiej „wysoki brzeg, urwisko nad potokiem”. Pobliski potok nosi nazwę, nomen omen - „Cicha woda”. Bramę cmentarną zaprojektował Stanisław Witkiewicz.
Już w 1931 roku to miejsce wpisano do rejestru zabytków pod nazwą „Cmentarz Zasłużonych”. Odtąd każdy pochówek wymaga zgody konserwatora zabytków, chowa się tutaj tylko ludzi wybitnych i zasłużonych dla Zakopanego, Tatr i Podhala. Zwykli śmiertelnicy swój ostatni adres znajdują na nowym cmentarzu przy ulicy Nowotarskiej.
Większość z 500 grobów na Pęksowym Brzyzku to dzieła sztuki, w tym ludowej, kapliczki z motywami podhalańskimi, góralskie rzeźbione krzyże, elementy malowane na szkle, w drewnie, metalu, kamieniu. Sławne rody góralskie mają tu rodzinne grobowce: Gąsienica, Pęksa, Walczak. Jest i grób Witkacego z mogiłą jego matki, Stanisława Marusarza z żoną, Heleny Marusarzówny, Kornela Makuszyńskiego, Kazimierza Przerwy-Tetmajera, doktora Tytusa Chałubińskiego, Sabały, Stanisława Witkiewicza, Władysława Hasiora i oczywiście księdza Stolarczyka. Są też symboliczne groby, tablice pamiątkowe i krzyże upamiętniające sławnych, a rozsianych w świecie: himalaisty Macieja Berbeki, Bronisława Piłsudskiego, Karola Szymanowskiego, Mieczysława Karłowicza, taterników, ludzi kultury związanych z Zakopanem, Kurierów Tatrzańskich. Wiele grobów zajmują zwykli, ubodzy mieszkańcy, chowani tu, kiedy tylko założono cmentarz, a także pierwsi letnicy Zakopanego.
Za zwiedzanie zabytku narodowego, którym jest ten cmentarz pobiera się opłatę: 3 zł (dorośli), 1,50 zł (dzieci i młodzież), przeznacza się ją na konserwację nagrobków i na utrzymanie tego miejsca. Każdego roku we Wszystkich Świętych oraz w Dzień Zaduszny organizowane są kwesty.
Warto wejść także do najstarszego zakopiańskiego zabytkowego kościoła (1847-1851) z kopią obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej, z fantastycznymi zdobieniami, malowaną na szkle drogą krzyżową, kunsztownie wykonanymi detalami w drewnie.
